Zunächst wurde hier im Jahr 836 durch den Paderborner Archidiakon Meinolf das älteste Kloster des Hochstiftes Paderborn als Frauenstift gegründet. In der Geschichte des Fürstbistums Paderborn zählte das Kloster Böddeken zu den bedeutendsten Ordenshäusern Westfalens. Im 15. Jahrhundert gehörte es sogar zu den einflussreichsten Klöstern Deutschlands mit europäischem Wirkungsgrad.
1802 schließlich wurde das Augustinerkloster durch preußische Beamte und Soldaten aufgelöst. Der Gutshof mit über 670 Morgen Wirtschaftsfläche wurde im Rahmen der Säkularisation dem Fiskus als Staatsdomäne übereignet. 1822 wurde der Gutshof von Josef von Hartmann erworben, bevor er später durch Heirat an die Familie von Mallinckrodt überging, die bis heute die Gesamtanlage verwaltet und das Gut mit seinen Flächen als landwirtschaftlichen Betrieb bewirtschaftet.
Seit 1978 befindet sich im Ostflügel des ehemaligen Konventsgebäudes das Internat Gut Böddeken. 2008 wurde der Internatsbetrieb um eine private Wohngrundschule ergänzt, die sich ebenfalls auf dem Gelände des Gutshofes befindet.
Das Kloster kann nur von außen besichtigt werden!
